면역계는 복잡하고 고도로 발달된 시스템이지만 그것의 역할은 단순하다. 침입자를 찾아 죽이는 것이다. 만약 사람이 심각한 면역계의 결함을 가지고 태어난다면, 바이러스(virus), 세균(bacterium), fungus(곰팡이) 또는 기생충(parasite)에 의한 감염이 일어날 것이고, 결과적으로 죽게 될 것이다. 여러 개의 복잡한 면역결핍에 있어서, 효소의 부족은 독성의 배설물질이 면역계 세포 안에서 자랄 수 있게 하고, 그 세포를 죽이게 되어, 면역계를 파괴시키게 된다. 면역계의 부족은 또한 디조지증후군(DiGeoge syndrome)에 대한 기본 원인으로, 그 증후군은 흉선에 이상이 있거나 흉선이 없는 상태로 태어나는 선천성 질병으로 T 세포 생산이 없게 되는 병이다. 그 외 다른 면역 장애들은 과민 면역 반응(excessive immune response) 이나 자가 면역 공격(autoimmune attack)으로부터 생겨나게 된다. 특히, 천식(asthma), 가족성 지중해 열(familial Mediterranean fever)과 크론씨 병(Crohn's disease, inflammatory bowel disease)들은 모두 면역계의 과민반응으로 나타나는 질환들이다. 반면, 자가면역성 다선 증후군(autoimmune polyglandular syndrome)과 당뇨병(diabetes)의 여러 면들은 면역계가 자신의 세포와 물질들을 공격하므로 생기게 되는데, 이는 면역계의 역할의 중요한 부분인 그 신체 자신의 세포와 침입자를 구별하는 것이 안되기 때문이다. 이것의 구별에 장애가 일어나게 되면, 그 자기세포와 물질에 대한 반응일어나 자기면역 질병을 야기 시킨다.